V Košiciach sa nachádza viacero pracovísk, ktorých vedecký záujem sa týka niektorej z oblasti výskumu biochémie:
- Katedra biochémie PF UPJŠ,
- Katedra bunkovej biológie PF UPJŠ,
- Ústav lekárskej a klinickej biochémie LF UPJŠ,
- Centrum interdisciplinárnych biovied TIP-UPJŠ,
- Katedra chémie, biochémie a biofyziky UVLF,
- Ústav fyziológie hospodárskych zvierat SAV,
- Oddelenie biofyziky ÚEF SAV,
- Neurobiologický ústav SAV.
Ústav lekárskej a klinickej biochémie LF UPJŠ
Centrum interdisciplinárnych biovied TIP-UPJŠ
pozostáva z viacerých laboratórií, ktoré uskutočňujú výskum v oblasti biofyziky, biochémie, bunkovej a molekulovej biológie so zameraním na cielenú liečbu rakoviny – nanomedicínske inžinierstvo, proteínové inžinierstvo – štruktúrna biológia a bioenergetiku – oxidačný stres a starnutie.
V oblasti biochémie a biofyziky je náš záujem zameraný na štúdium konformačných a funkčných vlastností proteínov a enzýmov, modifikácií vlastností proteínov/enzýmov (solventom, riadenými mutáciami, chemickými zmenami) a vývoj nových vlastností proteínov/enzýmov metódami proteínových evolučných techník ako je ribozómový displej. Využívame bakteriálnu expresiu proteínov. Máme skúsenosti so štúdiom: (i) vo vode rozpustných proteínov (cytochróm c, albumín, LOV doména, DARPiny, imunoglobulíny IgG), enzýmy (NADH oxidáza, glukózaoxidáza, lyzozým, chymotrypsín, trypsín, 3C proteáza, TEV proteáza) a membránové proteíny (cytochróm c oxidáza, GPCR – kappa opioid receptor, neurotenzín viažúci receptor).
Za našu expertízu považujeme analýzu termodynamických a kinetických parametrov proteínovej stability ako aj parametrov charakterizujúcich vlastností enzýmov a interakcie proteín-ligand.
V súčasnosti je výskum CIB financovaný 2 APVV a 5 VEGA grantami.
je jedným z 10 oddelení Ústavu experimentálnej fyziky Slovenskej akadémie vied. Medzi kľúčové aktivity oddelenia patrí základný výskum v oblasti biofyziky a biochémie. Jednotlivé špecifické smery výskumu sú zamerané na nasledovné témy:
(i) štúdium agregácie poly/peptidov pri rôznych experimentálnych podmienkach ako aj v prítomnosti malých molekúl a nanočastíc in vitro, ako aj ich účinku na bunky. Cieľom je pochopenie mechanizmov agregácie proteínov ako aj identifikácia inhibítorov amyloidnej agregácie, ktoré by mohli byť využité ako terapeutiká amyloidných ochorení,
(ii) výskum interakcie proteínov so zložkami membrán modifikovanými vplyvom oxidačného stresu, a s chemicky aktívnymi zlúčeninami (ako sú napr. denaturanty, detergenty, nanočastice) s úmyslom objasniť akým mechanizmom dochádza k zmene štruktúry a funkcie biomakromolekúl v dôsledku takýchto interakcií,
(iii) aplikácia špecifických zariadení, ako napr. Microsoft Kinect alebo dotykových tabletov na riadenie najmodernejších experimentálnych prístrojov ako sú optická pinzeta a optický skalpel. Návrh algoritmu umožňujúceho nielen rozpoznávanie, ale aj (semi)automatickú manipuláciu nano- a mikroskopických častíc, čo má veľký význam aj v biomedicínskej analýze obrazu.
Neurobiologický ústav Biomedicínskeho centra SAV
je jediné výskumné pracovisko na Slovensku dlhodobo orientované na výskum akútnych neurodegeneratívnych ochorení. V súčasnosti k hlavným vedeckým témam patrí štúdium mechanizmov ischemicko-reperfúzneho poškodenia mozgu, traumatického poranenia miechy a periférneho nervu, a štúdium neurogenézy v dospelom mozgu. Cieľom experimentálnych štúdií je prehĺbenie poznatkov o molekulárnych mechanizmoch poškodenia nervového systému a jeho následnej regenerácie stimuláciou endogénnej regeneračnej kapacity nervového systému, a/alebo prostredníctvom aplikácie farmakologických a nefarmakologických neuroprotektívnych prístupov. Ústav je vybavený na multidisciplinárny výskum, pokrýva široké spektrum in vitro, aj in vivo metód. Má certifikovaný zverinec pre vlastný chov laboratórnych zvierat, operačné miestnosti pre stereotaxiu a mikrochirurgiu, laboratóriá pre histologické, imunohistochemické, biochemické, molekulárno-biologické, proteomické elektrofyziologické a behaviorálne vyšetrenia, a tiež laboratória pre prácu s bunkovými kultúrami.
(http://www.neurobiology.sk/index.php/veda-a-vyskum/vyskumna-infrastruktura)